El clima cambia en relación con la latitud y altitud. Las estaciones son exactamente opuestas a las de EEUU y Europa (excepto en la región norte). En el sur del país es donde se presentan variaciones estacionales como en Europa, donde la temperatura media esta en torno a los 20º, en el resto del territorio los cambios no son tan pronunciados, siendo los inviernos suaves, con una temperatura media anual en torno a los 28º C. La Cuenca del Amazonas, sometida a un clima tropical húmedo, es la zona más lluviosa del país y, aunque muy húmeda, las temperaturas se mantienen alrededor de los 27º C todo el año. En la meseta central, en cambio, el clima dominante es de tipo subtropical. Hay temporadas de lluvias según las regiones: de enero a abril en el norte; de abril a julio en el noreste; y de noviembre a marzo en las regiones de Río y Sao Paulo. En la zona de selvas las lluvias, cortas y abundantes, pueden aparecer de improviso.
En Río de Janeiro el verano (de diciembre a febrero) es caluroso y húmedo, con temperaturas que alcanzan los 30º C; el resto del año las temperaturas rondan los 25º C. Las temperaturas en Río pueden llegar a 40º C, aunque los chubascos cortos y frecuentes refrescan el ambiente y elevan la humedad.
La meseta interior se caracteriza por tener clima de sabana, especialmente seco en el nordeste (Pernambuco, Bahía…). La zona costera noreste es tan calurosa como Río, pero menos húmeda. Las tierras altas, más frescas y menos húmedas, son propensas a tormentas veraniegas.
La porción septentrional de la estrecha faja costera presenta un clima tropical cuyas características se modifican conforme se avanza hacia el sur, en donde reina un clima más templado.
Al sur de Sao Paulo comienza una zona subtropical más templada, con inviernos frescos que a veces tienen hielo, incluso nieve.
Existen lugares en el sur del país que llegan a temperaturas negativas, inclusive con escarchas y nieve.
En el Pantanal, la estación de la sequía acontece entre mayo y septiembre, y viene acompañada de frío, la temperatura promedio es de unos 21º C. De octubre a febrero comienzan las lluvias y el calor, además de los mosquitos, y la temperatura promedio es de alrededor de 32º C, probablemente la peor época para visitarlo. La estación intermediaria, es la mejor para visitarla, más equilibrada, con poca lluvia y buenas condiciones para observación de la fauna, aunque en la estación de la sequía también se puede visitar.